לתוכנית קסם הקוביה שלושה שלבים.
בשלב הראשון, שנמשך כ-6 מפגשים, המשתתפים לומדים לפתור פאה אחת מפאות הקוביה ההונגרית, כלומר - לסדר את אחד הצדדים בצבע אחיד. הם לומדים איך לעשות זאת צעד אחר צעד, באופן שיטתי. במידת הצורך, נעשה שימוש בסיפורים תומכי זיכרון ובאביזרי עזר שפותחו למטרה זו.
בשלב השני, לאחר שהמשתתפים שולטים בפתרון פאה אחת, הם לומדים לסדר פאה בהתאם לדגם המוצג להם. המשתתפים מקבלים כרטיסיה שמשמשת כדגם, ובעזרת השיטה אותה למדו בשלב הראשון, הם יוצרים את הדגם באמצעות הקוביה ההונגרית.
וכאן מתחיל הקסם: בתוכנית קסם הקוביה ישנו מאגר תמונות המורכבות ממספר קוביות הונגריות. המשתתפים יוצרים את הדגמים שבכרטיסיות, מצרפים את הקוביות זו לזו כמו פאזל, ומרכיבים את התמונה.
השלב השלישי מאפשר למשתתפים להביא לידי ביטוי יצירתיות ויכולות אומנותיות. המשתתפים עצמם מתכננים על נייר משובץ את התמונה ויוצרים אותה באמצעות מספר קוביות הונגריות. במקום ציור אפשר, כמובן, ליצור ולעצב מילה או משפט קצר, ובכך להעביר מסר אישי.

להמחשת שלבי הפעילות מומלץ לצפות בסרטון שבאתר.